股东大会是公司的权力机构。

公司设董事会，对股东大会负责，并行使股东大会授予的权力。董事会设执行委员会，作为董事会日常决策、管理、执行机构；并设风险、交易专门委员会，在董事会授权下开展工作，对董事会负责。

中金所内设部门20个，分别为：办公室（党委办公室）、人力资源部（党委组织部）、党务工作部（党委宣传部）、纪检办公室、财务部、审计部、法律事务部、期货衍生品一部、期货衍生品二部、期货衍生品三部、场外业务部、交易部、结算部、期货市场巡回审理协作部、会员管理部、市场监查部、机构管理部、投资者服务部、信息科技部、研究部。

中金所下属公司3家，分别为：上海金融期货信息技术有限公司、北京金融衍生品研究院有限责任公司、上海唐银投资发展有限公司。